Chaleur, sécheresses et inondations ne se limitent pas à fragiliser le cœur ou les poumons. Des chercheurs montrent qu’elles bouleversent aussi la composition du microbiote intestinal, avec des effets concrets sur la digestion et l’immunité.
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La chaleur agit directement sur la physiologie digestive
L’organisme humain fonctionne de façon optimale autour de 37 degrés. Un écart de quelques dixièmes de degré suffit déjà à altérer le bien-être général, et la hausse des températures ambiantes n’échappe pas à cette règle. « Des températures plus élevées augmentent les hormones du stress dans le corps, ce qui affecte directement la physiologie intestinale », explique Elena Litchman, professeure d’écologie aquatique à l’université d’État du Michigan.
Le cortisol, principale hormone du stress produite par les glandes surrénales, agit sur plusieurs types de cellules qui tapissent l’intestin : les cellules immunitaires, les cellules épithéliales qui forment la barrière entre le tube digestif et le reste du corps, ainsi que les cellules entéroendocrines qui régulent l’environnement hormonal local. Toutes possèdent des récepteurs au cortisol et peuvent se dérégler lorsque son taux grimpe. Cette hormone modifie aussi la vitesse de transit des aliments, ce qui favorise la dysbiose, un déséquilibre dans la composition des milliards de bactéries, virus et champignons qui peuplent le tube digestif.
Les fortes chaleurs augmentent également la perméabilité de la paroi intestinale, un phénomène couramment appelé intestin perméable. Desmond Leddin, professeur de médecine à l’université Dalhousie au Canada, rappelle qu’une partie des mécanismes du coup de chaleur serait liée à cette porosité accrue de l’intestin. Une fois la barrière fragilisée, des micro-organismes normalement confinés au tube digestif peuvent migrer vers la circulation sanguine et propager une infection, tandis que l’apport accru en oxygène dans l’intestin favorise la prolifération de bactéries indésirables.
Sol, eau et air : un microbiome extérieur qui façonne le nôtre
L’intestin humain n’est pas seul concerné : les sols, l’air et l’eau possèdent eux aussi leur propre microbiome, et des températures plus élevées favorisent la prolifération de micro-organismes moins bénéfiques, parmi lesquels listeria, Escherichia coli et Shigella. Ces organismes présents dans l’environnement se retrouvent rapidement dans l’alimentation, sur la peau, ou inhalés sous forme de poussière, et finissent par intégrer le microbiome intestinal humain.
Dans un article publié en 2024 dans la revue Gastro Hep Advances, Desmond Leddin détaille comment les inondations liées au dérèglement climatique contaminent les nappes phréatiques par des agents pathogènes tels que le rotavirus, Cryptosporidium, Campylobacter ou Yersinia. En 2004, des inondations au Bangladesh avaient entraîné 350 000 cas de maladies diarrhéiques. Les pays à hauts revenus ne sont pas épargnés : aux États-Unis, 23 millions de foyers dépendent de puits privés, particulièrement exposés à une contamination lors de crues.
La déshydratation, plus fréquente lors des vagues de chaleur, aggrave également la situation. Lorsque l’organisme manque d’eau, le sang est redirigé en priorité vers le cerveau et le cœur, au détriment du tube digestif, ce qui entraîne douleurs abdominales, constipation et ralentissement de l’absorption des nutriments, selon Eamonn Quigley, responsable de la santé gastro-intestinale au Houston Methodist Hospital.
L’assiette, premier terrain d’impact du dérèglement climatique
L’alimentation reste le facteur qui influence le plus directement la santé intestinale, et le climat modifie sa composition sans que cela soit toujours visible. Une croissance plus rapide des cultures, provoquée par la hausse des températures, s’accompagne souvent d’une valeur nutritionnelle amoindrie.
Selon une étude publiée en 2025 dans The Lancet Planetary Health, des températures dépassant 30 degrés réduisent la teneur en antioxydants bénéfiques de certains aliments, tout en augmentant l’absorption d’arsenic environnemental par les plants de riz, deux phénomènes défavorables au microbiote intestinal. Une concentration accrue de dioxyde de carbone diminue par ailleurs les niveaux de zinc, de fer et de protéines dans le blé, le riz et le maïs, ce qui pourrait exposer 100 millions de personnes supplémentaires à une carence en protéines et 200 millions à une carence en zinc d’ici 2050. Le réchauffement des océans réduit également la disponibilité du poisson et des fruits de mer, une source de protéines et un facteur de diversité du microbiote particulièrement importants dans les pays à revenus faibles ou intermédiaires.
Ce phénomène, parfois désigné sous le terme de faim invisible, décrit une situation où la quantité de nourriture consommée reste stable tandis que sa qualité nutritionnelle décline, la rendant à la fois moins riche en nutriments et plus difficile à digérer. Aux carences nutritionnelles s’ajoute, dans les régions les plus touchées par les échecs de récolte, le risque plus direct d’une insuffisance alimentaire globale, qui réduit d’autant la diversité du microbiote, elle-même associée à la diversité du régime alimentaire.
